Olá, encontrei as seguintes informações:

Salvador para Morro de São Paulo

08:30 – Catamarã / Lancha
Preço: R$ 96,90
Capacidade: 24 e 80 pessoas

09:00 – Catamarã / Lancha
Preço: R$ 96,90
Capacidade: 24 e 100 pessoas

10:30 – Catamarã / Lancha
Preço: R$ 96,90
Capacidade para 24 e 80 pessoas

13:00 – Catamarã / Lancha
Preço: R$ 111,00
Capacidade: 30 pessoas

14:30 – Catamarã / Lancha
Preço: R$ 96,90
Capacidade: 24 e 100 pessoas

(Taxa de Embarque e Fiscalização inclusas)

Morro de São Paulo para Salvador

09:00 – Catamarã / Lancha
Preço: R$ 111,00
Capacidade: 30 pessoas

11:30 – Catamarã / Lancha
Preço: R$ 95,50
Capacidade: 24 e 100 pessoas

13:00 – Catamarã / Lancha
Preço: R$ 95,50
Capacidade: 24 e 80 pessoas

15:00 – Catamarã / Lancha
Preço: R$ 95,50
Capacidade: 24 e 100 pessoas

(Taxa de Embarque não inclusa e Taxa de Fiscalização inclusa)

Essas informações estão nesse link aqui: http://www.boipebatur.com.br/ilha-de-boipeba/como-chegar/transporte-maritimo

Eu não sei os horários, Maycon, mas acredito que o último seja no final da tarde.